Das kommt darauf an, was die Anwender brauchen, beide Arten von Dokumentation verfolgen verschiedene Zwecke:
Ein Handbuch ist prozessorientiert, stellt also Abläufe dar. Von der Einleitung, die Sinn und Zweck der Anwendung erklärt und einen groben Überblick verschafft bis zum Register werden die Anwender an die Hand genommen und Schritt für Schritt durch die Software geführt. Hintergrundinformationen und Funktionsbeschreibungen ergänzen die Handlungsanweisungen.
Vorteil: die Anwender verstehen Zusammenhänge, bekommen schnell einen Überblick über alle Funktionen der Anwendung und können das Handbuch auch als Nachschlagewerk benutzen.
Nachteil: auch bei sehr guter Strukturierung des Handbuchs müssen Anwender sich die aktuell benötigte Hilfe raussuchen.

Eine Online-Hilfe dagegen ist kontextsensitiv, d. h. sie orientiert sich an den einzelnen Bildschirminhalten. Sie gibt Hilfestellung zu den Aktionen, die aktuell in der jeweiligen Maske gefordert sind. Nur das an dieser Stelle notwendige wird erklärt.
Vorteil: die Anwender bekommen sofort die Hilfe, die sie brauchen, nur diese, ohne Suche und Blättern im Handbuch
Nachteil: es dauert länger, Zusammenhänge zu verstehen und einen Überblick über alle Funktionen der Anwendung zu bekommen

Hier gibt es die elegante Möglichkeit, mit Simple-Source-Hilfe-Werkzeugen beide Ausgabeformate aus einer Quelle erzeugen zu lassen.
Sehr wirtschaftlich in der Erstellung und einfach in der Pflege.